Описание пространственной структуры DPO3E_ECOLI по данным банка PDB, код 1j53.

На рисунке изображен экзонуклеазный домен второй эпсилон субъединицы ДНК-полимеразы III бактерии E.coli. Он включает в себя белковую молекулу(аминокислотная последовательность указана в файле 1j53_ECOLI) и молекулы лигандов (ионы Mn²⁺ изображены красными шариками,нуклеотиды тимина, этиленгликоль). Синими шарикаим показаны молекулы воды, которые окружают белок и способствуют правильной конформации.

Скрипт файл

restrict none 
background white
select protein
wireframe 50
color yellow 
select mn
spacefill
color red
select tmp or egl
wireframe 100
select   water
cpk 150
color blue
select lys141:a.n
label DNA POLYMERASE III, EPSILON CHAIN
color label green
set fontsize   15    
set fontstroke  1
select mn
label Mn 2+
color label red
select tmp.O4
label THYMIDINE-5'-PHOSPHATE
select egl.o2
label ETHYLENE GLYCOL
color label purple
background green

Этот скрипт файл требует для использования программу RasMol, в данном случае он показывает взаимное расположение молекул экзонуклеазного домена второй эпсилон субъединицы ДНК-полимеразы III бактерии E.coli, С помощью него мы можем увидеть связывающую часть белка и лиганды (основные молекулы подписаны)